Botulismo
Brucelosis
Carbunco (Ántrax)
Chikungunya
Cisticercosis
Cólera
Coqueluche (tos ferina)
Dengue
Diarreas
Diarreas por rotavirus
Difteria
Enfermedad de Chagas (tripanosomiasis americana)
Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob
Enfermedad invasora por Haemophilus influenzae
Enfermedad invasora por Streptococcus pneumoniae 
Enfermedad meningocóccica
Fiebre amarilla
Fiebre del Nilo occidental
Fiebre Q
Fiebre tifoidea y paratifoidea
Fiebres hemorrágicas (Ebola, Marburg, Lassa)
Gonorrea
Hepatitis viral A
Hepatitis viral B
Hepatitis viral C
Hepatitis viral E
Hidatidosis (equinococosis quística)
Influenza e Infecciones respiratorias agudas graves (IRAG)
Leishmaniasis
Lepra
Leptospirosis
Listeriosis
Malaria
Meningitis bacteriana
Parotiditis
Peste
Poliomielitis (Parálisis fláccidas agudas)
Psitacosis
Rabia humana
Rickettsiosis
Rubeola
Sarampión
Sífilis
Síndrome cardiopulmonar por hantavirus
Síndrome de inmunodeficiencia adquirida (VIH/SIDA)
Síndrome Hemolítico Urémico (SHU)
Tétanos
Triquinosis
Tuberculosis
Varicela
Zika

Para descargar las bases de datos de algunas Enfermedades de Notificación Obligatoria (ENO) que se encuentran bajo vigilancia epidemiológica. puedes hacerlo desde la sección dedicada https://epi.minsal.cl/bases-de-datos-eno/

A este listado se suman los siguientes eventos sujetos a vigilancia epidemiológica:
COVID-19
Brotes de enfermedades transmitidas por alimentos
Hepatitis de causa desconocida en niños
Viruela del Mono
Síndrome Inflamatorio Multisistémico Pediátrico